设立分支机构的注册手续完成后，需要向行政机关进行必要的申报或备案。
1、税务署
（1）法人设立申报表（子公司形态）：公司设立之日起 2 个月以内。
（2）外国普通法人申报表（分支机构形态）：成为外国普通法人之日起 2 个月以内。
（3）薪金支付事务所等的开设申报表：事务所开设后 1 个月以内。
（4）蓝色申报批准申请表：设立后满 3 个月之日或法人设立后的首个会计年度结束日，两者中较早的日期的前一天为止。
其他税务申报根据法人的情况而不同。
1、都道府县或市镇村的税务担当部门
法人设立申报表：需要向缴纳地方税的都道府县和市镇村分别提交法人设立申报表。文件形式因都道府县或市镇村而异，需通过网站等加以确认。
3、劳动基准监督署
（1）适用业务报告：属于劳动基准法的适用业务时（存在雇员时）提交（不得延误）。
（2）劳动保险：保险关系成立及概算保险费申报表。只要有一名雇员，即适用劳动保险，需进行申报（自录用之日起 10 天以内），并支付保险费（50 天以内）。
（3）有关加班和假期工作的协定：需要雇员在法定工作时间外（一天超过 8 小时或一周超过 40 小时）或在法定休息日（每周 1 天）工作的工作场所提交（事先）。
（4）工作守则：平时雇员人数 10 名以上的雇主必须制定工作守则，并备案（不得延误）。
此处“员工”包括董事长等法人代表。
4、公共职业安定所
失业保险适用企业设立备案（含失业保险被保险人资格取得申报），首次录用雇员时提交（录用后 10 天以内）。
5、社会保险事务所
健康保险、养老保险新增适用申报：法人等社会保险适用企业首次录用员工时（录用后 5 天以内）。
健康保险、养老保险被保险人资格取得申报：录用员工时（5 天以内）。
健康保险被抚养人（调动）申报：健康保险的被保险人（员工）有被抚养人时（5 天以内）。
国民养老金第 3 号被保险人资格取得申报：被保险人（员工）配偶为被扶养人时（5 天以内）。
此处“员工”包括董事长等法人代表。
经营日本公司要处理的事项并不止上述所罗列的，还有更多如年审、做账、报税等，这些业务都是保障日本公司正常运作的，至于如何把握住潜在的商机就要看企业如何规划经营了。
